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FAQ: “Bioinformática” dental.
Preguntas más frecuentes.
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  1. ¿Qué es la “bioinformática” dental?
  2. ¿Qué perfil es necesario para aprender “bioinformática” dental?
  3. ¿Dónde puedo saber mas sobre “bioinformática” dental?
  4. ¿Qué tipo de temas/problemas puede abordar una persona formada en bioinformática?
  5. Si estuviera interesado en seguir una carrera en “bioinformática” dental, ¿qué lenguajes de programación debería conocer?
  6. ¿Cual sería una muestra de las asignaturas necesarias para comprender la “bioinformática” dental?
  7. Cómo puede mejorar el cuidado al paciente la “bioinformática dental”?
  8. Soy dentista y me gustaría matricularme en un programa de “bioinformática dental”. ¿Dónde puedo preguntar u obtener una solicitud?
  9. ¿Existe una necesidad real de la Bioinformática?

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  1. ¿Qué es la “bioinformática” dental?

    2. El término “bioinformática” dental describe cualquier uso de PCs y estadísticas/máquinas como forma de abordar y entender la información biológica que tengan relación dental. Hay una gran cantidad de juegos de datos que se acumulan y provienen de estudios serios en experimentos biológicos y químicos, tales como la secuencia de genomas enteros, chips microgama de ADN, experimentos de dos híbridos, chips proteómicos, espectrometría de masas tandem, que requieren un enfoque informático para separar y analizar los datos.

    Para más información sobre “bioinformática” dental y su relación con la Odontología lea:

    1. Kuo, WP, Kim, EY, Jenssen, TK, Trimarchi, J, Vinterbo, S, Ohno-Machado, L. A primer on gene expression and microarrays for machine learning researchers. J Biomed Inform. 2004 Aug;37(4):293-303.
    2. Kuo, WP, Whipple, ME, Epstein, JB, Jenssen TK, Santos, GS, Ohno-Machado, L, Sonis, ST. Deciphering gene expression profiles generated from DNA microarrays and their applications in oral medicine. Oral Surg Oral Med Oral Pathol Oral Radiol Endod. 2004 May;97(5):584-91
    3. Kuo, WP. Overview of bioinformatics and its application to oral genomics. Adv Dent Res. 2003 Dec;17:89-94.
    4. Wright, JT, Hart, TC. The genome projects: implications for dental practice and education. J Dent Educ. 2002 May;66(5):659-71

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  2. ¿Qué perfil es necesario para aprender “bioinformática” dental?

    3. Se recomiendan estudios previos en informática dental, pero no es necesariamente un requisito para estudiar “bioinformática” dental. Esto también depende del individuo y su currículo de estudios relacionados con biología o informática. En el caso de un perfil “biológico” el conocimiento general de un lenguaje de programación estructurada (Scheme, Jave, C+, o Perl) es importante. En el caso “informático”, su perfil debe presentar un conocimiento de los sistemas biológicos, tanto molecular y proteómico en cuanto a su relación necesaria con temas biomédico dentales (ejem; patógenos orales, cáncer oral, de cabeza y cuello, enfermedades relacionadas con tejidos blandos y duros). Éste último también puede trabajar con un investigador dental clínico o básico para poder entender el problema biológico en cuestión.

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  3. ¿Dónde puedo saber mas sobre “bioinformática” dental?

    4. La Comunidad Online de Informática Dental (DIOC) es un buen sitio para comenzar. La DIOC aporta una fuente de información útil y links o enlaces para aquellos interesados en “bioinformática” dental. También se puede acudir a programas de Informática Dental, Médica y Bioinformática, la mayoría de estos programas informáticos ofrecen cursos como parte de su programa de formación.

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  4. ¿Qué tipo de temas/problemas puede abordar una persona formada en bioinformática?

    5. Una persona formada en “bioinformática” dental puede tratar asuntos biológicos relacionados con el desarrollo de anomalías craneofaciales (hueso o musculatura) en ratones hasta la evolución del cáncer oral empleando muestras de pacientes. Por ejemplo, los datos generados por la alta tecnología para cuestiones genómicas y proteómicas requieren un tratamiento para darles “sentido”. Los datos analizados pueden ser devueltos al investigador clínico/dental básico para confirmar los resultados vía Tiempo Real Cuantitativo PCR (QRT-PCR), hibridización in situ, o inmunohistoquímica, reforzando así su estudio analítico.

    Para más información sobre “bioinformática” dental y su relación con la Odontología lea:

    1. Hu S, Wong DT. Oral cancer proteomics. Curr Opin Mol Ther. 2007 Oct;9(5):467-76.
    2. Wong DT. Salivary transcriptome. Clin Cancer Res. 2007 Feb 15;13(4):1350-1
    3. Abzhanov, A, Kuo, WP, Hartmann, C, Grant, BR, Grant, P, Tabin, CJ. The calmodulin pathway and evolution of elongated beak morphology in Darwin's finches. Nature. 2006 Aug 3;442(7102):563-7.
    4. Kuo, WP, Mendez, E, Chen, C, Whipple, ME, Farell, G, Agoff, N, Park, PJ. Functional relationships between gene pairs in oral squamous cell carcinoma. AMIA Annu Symp Proc. 2003;:371-5.
    5. Weir, BS. Bioinformatics and approaches to identifying polygenic susceptibility traits. Ann Periodontol. 2002 Dec;7(1):1-7.

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  5. Si estuviera interesado en seguir una carrera en “bioinformática” dental, ¿qué lenguajes de programación debería conocer?

    6. En primer lugar recomendaríamos aprender R, éste es un lenguaje y entorno para la informática estadística, gráficos, y paquetes de bioconductores. Los paquetes de bioconductores son software de fuente abierta y desarrollo abierto que enfoca el análisis y comprensión de los datos genómicos. Un segundo lenguaje recomendable para el análisis de datos biológicos es el Perl. El lenguaje Perl se puede aprender sin tener experiencia en programación. El Perl se puede emplear para labores como la migración de datos a sistemas más avanzados de programación bioinformática. Otros lenguajes de programación como MatLab, MySQL, SAS y SPSS son útiles y es bueno conocerlos.

    Para más información sobre “bioinformática” dental y su relación con la Odontología consulte:

    1. Chen T, Abbey K, Deng WJ, Cheng MC. The bioinformatics resource for oral pathogens. Nucleic Acids Res. 2005 Jul 1;33(Web Server issue):W734-40.
    2. Ohno-Machado, L, Kuo, WP. Stochastic Algorithms in Gene Expression Analysis. In A. Albrecht and K. Steinhofel, editors, SAGA 2003 - Stochastic Algorithms: Foundations and Applications, volume 2827 of Lecture Notes in Computer Science/Lecture Notes in Artificial Intelligence. pp. 39-49, 2003.

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  6. ¿Cual sería una muestra de las asignaturas necesarias para comprender la “bioinformática” dental?

    7. Un buen comienzo sería un curso de introducción a la “bioinformática”. Los temas que se cubren pueden ser explorados en cursos avanzados. Algunos temas incluyen aprendizaje del PC, análisis genómico y proteómico secuencial, búsqueda de datos, genomía funcional computacional, genomía comparativa, estructuras proteícas y su función, e ingeniería biomolecular. Loas herramientas informáticas aquí aprendidas sirven para prácticamente cualquier campo en la investigación dental.

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  7. Cómo puede mejorar el cuidado al paciente la “bioinformática dental”?
    8.

    La “bioinformática dental” tiene el potencial de poder mejorar la calidad asistencial a los pacientes dentales. Esto se puede realizar mediante la odontología “personalizada”, parecido a lo que sucede en medicina. En el caso del cáncer oral, por ejemplo, los biomarcadores que potencialmente señalan la progresión pueden ser identificados a través de la aplicación de juegos o “sets” de algoritmos computacionales. Esto permite que se construya un chip diagnóstico con los biomarcadores identificados. Este chip diagnóstico puede emplearse para la exploración de pacientes con riesgo a padecer cáncer oral o para el enfoque del tratamiento terapéutico.

    Además, hemos participado en la estandarización de estos métodos (microarray de ADN) para que algún día puedan ser empleados para diagnósticos clínicos.

    Desde la óptica clínica, algunos de los colaboradores en el proyecto de investigación abordan la curación e integración ósea a los implantes dentales, y también nuevos biomateriales evaluados molecularmente. Los resultados de estos estudios tienen el potencial de mejorar la supervivencia a largo plazo de los implantes dentales de nuestros pacientes.

    Para más información sobre el uso de la “bioinformática” en la mejora de la identificación de los biomarcadores y estándares:

    1. Ziober BL, Mauk MG, Falls EM, Chen Z, Ziober AF, Bau HH. Lab-on-a-chip for oral cancer screening and diagnosis. Head Neck. 2007 Sep 27.
    2. Mlynarek AM, Balys RL, Su J, Hier MP, Black MJ, Alaoui-Jamali MA. A cell proteomic approach for the detection of secretable biomarkers of invasiveness in oral squamous cell carcinoma. Arch Otolaryngol Head Neck Surg. 2007 Sep;133(9):910-8.
    3. Liu, F, Jenssen, TK, Trimarchi, J, Punzo, C, Cepko, CL, Ohno-Machado, L, Hovig, E, Kuo, WP. Comparison of hybridization-based and sequencing-based gene expression technologies on biological replicates. BMC Genomics. 2007 Jun 7;8:153.
    4. Kuo, WP, Liu, F, Trimarchi, J, Punzo, C, Lombardi, M, Sarang, J, Whipple, ME, Maysuria, M, Serikawa, K, Lee, SY, McCrann, D, Kang, J, Shearstone, JR, Burke, J, Park, DJ, Wang, X, Rector, TL, Ricciardi-Castagnoli, R, Perrin, S, Choi, S, Bumgarner, R, Kim, JH, Short, GF, Freeman, MW, Seed, B, Jensen, R, Church, GM, Hovig, E, Cepko, CL, Park, P, Ohno-Machado, L, Jenssen, TK. A sequence-oriented comparison of gene expression measurements across different hybridization-based technologies. Nat Biotechnol. 2006 Jul;24(7):832-40.

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  8. Soy dentista y me gustaría matricularme en un programa de “bioinformática dental”. ¿Dónde puedo preguntar u obtener una solicitud?

    9. En la actualidad hay una serie de opciones. Si Vd. está buscando escuelas dentales que tengan un programa de informática dental existen algunos centros que ofrecen un título en Informática Dental (Columbia University School of Dental Medicine, Harvard School of Dental Medicine and University of Pittsburg School of Dental Medicine). En cada program se puede enfocar su carga lectiva hacia la “bioinformática”. Las otras dos opciones serían explorar los programas de Informática médica o enrolándose directamente en un programa de Bioinformática. Es posible que existan pre-requisitos para estos últimos.

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  9. ¿Existe una necesidad real de la Bioinformática?

    10. ¡¡¡Por su puesto que sí!!! Según se vuelvan más complejos los proyectos en investigación biomolecular en odontología, serán más necesarios los Bioinformáticos Dentales. Existen diversos trabajos necesarios tales cómo la integración de datos relativos a la información clínica dental, pasando por la información genómica, y el análisis de grandes juegos de datos generados por la tecnología genómica y proteómica. No sólo es necesario los campos de investigación clínica sino también las ciencias dentales básicas. En la actualidad, el cuello de botella se encuentra en el análisis e interpretación de los datos desde la óptica del aprendizaje estadístico y la maquinaria.

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Last update: Feb. 6, 2008
Authored by: Winston Patrick Kuo

 

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